米軍関係車両専用のナンバープレートは、平仮名の位置に Y （日本国内で調達された私有車両）、E （非課税車両）、A （オートバイ・軽自動車）などのアルファベットが書かれているのが特徴で、通称「Yナンバー」と呼ばれている。米軍関係車両の登録台数は60000台弱程度で、そのうちの約27000台が沖縄ナンバーである。その他、八戸ナンバーは空軍三沢基地関係、多摩・八王子ナンバーは空軍横田基地関係、横浜ナンバーは海軍横須賀基地等の関係、相模ナンバーは海軍厚木基地、陸軍キャンプ座間等の関係、山口ナンバーは海兵隊岩国基地関係と推測できる。絶対的な登録台数は少ないが、静岡県御殿場市に駐留する海兵隊キャンプ富士の要員が登録している私有車両は、沼津ナンバーである。平成17年9月より駐留軍要員（米軍人・軍属）にも、基地の外に居住して私有車の登録を希望する際は、車庫証明の取得が義務付けられた。これにより現在は、湘南・品川・川崎のYナンバーが存在する。車検証上所有者の所有者の住所欄には、所有者が所属する基地の所在地が記載されており、使用の本拠の位置には、実際に住んでいる（駐車している）基地外の日本の住所が記載されている。

また、自動車税が国民の2割に免除されていたり、ガソリン代に含まれる税が免除（計算の関係で基地内のガソリンスタンド内のみ適用）されるなど不公平な点も多いとされているが、自動車税に関してはYナンバーの車が基地の外と、基地の中の道路を走る割合を元に課税されているために、異なる税額との解釈もある。