お母さんが、どっかに隠しておいたのを、床に放り投げた。

犯人は寮監さん。僕が部屋を出た隙に廊下の冷蔵庫から死体を出し、母親がくる前に合い鍵をつかって部屋に投げ入れた。ん〜果たしてそんな時間が？

ヒミツ

僕は三田村真琴に体形が似ているＡ子と付き合っていた。Ａ子は僕が下りて行ったあとに、冷蔵庫に隠れていた三田村真琴を絞殺し、彼女の服を着て逃走した。

ヒミツ

母親がエレベーターに乗り込む直前に非常口から降りる、
というタイミングだと母親は気付かなかった
＝見つからないですむ空白の時間という事でしょうか？

自分が最初降りている間、寮に潜んでいた(恐らく退寮した人)が
あらかじめ作成した合鍵を使い、家を出る隙を見て
死体を捨てる。そして非常階段を使い降りる。
非常階段の下まで行くと何故かエレベーターを使って戻ろうとする
所を発見。乗り込む隙を見計らい逃げ出した。

交換条件がすなわちゴミを引き受けることだった。先輩から引き受けたゴミに死体が混じっていた。現れ方は先ほどの囁きに同じ。

ヒミツ

寮でエレベーターがついているということは6階以上と推測されます。
また、ベランダ等の窓の状況も設定がないので、死体は窓から投げ入れた可能性があります。
重量に懸念がありますがロープ等を使えば不可能ではなく、その重量を支えるノットは犯人が部屋に入り自分で解くことで解消されるとします。
「僕」が部屋を出た隙に死体を投げ入れ（「僕」は寮には他に誰もいないと信じているので、上の階に誰かが潜んでいても気付かない）そのときに使ったロープをつたって部屋に侵入し、死体を解いてまたロープをつたって上の階に戻った。
この間、「僕」は非常階段を降りているので（恐らく2分程度）不可能ではありません。
また、母親が死体を発見した隙に上の階から
逃げ出す。日本の警察のレスポンスタイムは2分程度といわれていますので、1階まで逃げるのは可能、「母親」が警察を呼ぶまでに更にロスタイムがあったと考えると4〜5分の余裕はあったのではないでしょうか？
上の階からの逃亡手段としては、窓からロープで降りた・足音をたてない様に裸足で逃げた。

問題文中にある母親の行動は、主人公の推測の部分が多いですね。実際はどうだったのか。母親は合鍵を持っていたのか、躓いた拍子に床にあった死体に抱きついたのか。その部分の詳細が気になります。
あと、非常階段なら屋上へのルートもあるでしょうけど、まさか学生寮にヘリポートはないでしょうしねぇ・・・。

あと思いつくのは、じつは僕の母さんは三田村真琴さんだったとかいうボケだけですかね。ボケにもならないか・・・。

ヒミツ

母親が犯人だったら･･･
母親が運んだで終わり。
先輩が犯人だったら、冷蔵庫かなぁ？でも厳しいかな？
しかし･･･それ以外はないと思う、多分･･･いや無茶苦茶な話やけどな？

ヒミツ

ヒミツ

母さんがゴキブリをふんづけた瞬間、
ゴキブリが「死体」になった。

三田村真琴さん１７歳　は「遺体」だった。

ヒミツ

先輩から貰った冷蔵庫の中にいた。母親が初めて開けた。

主人公が出掛けた後、合鍵で中に入り死体を置き、すぐに上の階に行き、身を潜めた。主人公が部屋に戻った後、警察が来る前に逃げた。

ヒミツ

ヒミツ

退寮した先輩が、三田村真琴。彼女は主人公に知れれたくない忘れ物があり、内緒で取りにきた。その時、お母さんがきた、母親は物取りだと思い、首を絞めた。

　遺体には着衣がなく
　頭部には黒いゴミ袋が被せられ、ガムテ　ープが巻かれていました。
これは母親の偽装工作。
また、退寮したといっても、主人公と三田村真琴との間に面識はない。交換条件は、他の人を通して締結された。

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

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ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

口調も変わってるし、多重人格かと思ったのですが・・。
押しかけて来た恋人（？）、鬱陶しいな。つい殺しちゃったけどどうやって処分しようか。とりあえずゴミ袋に入れてみたけど随分はみ出すなぁ・・。早めに片づけないと荷物の整理ができないや。
ってな流れを予想していたのですが・・。

犯人は第三者。語り手はドアを開けっ放しにしており、(たぶん)お母さんと行き違いになったというのは勘違いで、それには第三者が乗っていた。語り手がエレベーターに乗ろうとしてあせっている時に、後ろで母が非常階段を上っていた。第三者はしたいを投げ入れ、その後すぐに非常階段を下りていったが、母は気にも留めず、息子の部屋に入って、死体を見つけた。

ヒミツ

死体は「上から」来た。

殺害現場は主人公の部屋の上の部屋。

犯人は死体を床下（主人公の部屋の天井裏）に隠しておいた。
しかし、死体の重みに耐えられずにたまたまあのタイミングで主人公の部屋に落ちた。

死体の腐敗も天井に穴が開いた要因かな？

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

お母さんが入った部屋は隣の部屋で、僕が階段で降りはじめた瞬間に廊下の荷物を動かしたかな？
あらかじめ部屋の鍵を両方同じものにしておいて、部屋の中も散らかしておけば・・・

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

ヒミツ

見当もつきませんが、次のように仮定してみました。
非常階段はエレベータの窓から見える→エレベータから建物の外部に向う展望が
開けているイメージですので、階段の「昇降口」とエレベータの「扉」が隣り合う
形ではなく、凹形の建物の左右の各廊下の先端で内側に面して向き合う格好で設置されいる
形態を考えます。一階部分だけ□形でフロントを挟んで昇降口と扉が向き合うという
形ですので、階段を下りきった場所から扉もよく見えます。
「母さん？」と一瞬で認識したのもわかります。
非常階段ですから上階で昇降口がエレベータの扉の隣にあっても(故障時)、
エレベータから最も遠い所にあっても共に合理的です。
「あの」エレベーターと「この」非常階段という距離感をもち、
エレベータは非常階段の横にあると言ってよく、エレベータから非常階段も
よく見えます。昇降口と扉が隣り合う形態と異なるのは、どちらを使うかで部屋まで
使用する廊下が異なることです。部屋の位置は暫定的に廊下の両端から
同距離とします(凹の下辺の中点あたり)。
次に、歩く場所も無い(寝る場所も無い)部屋の汚いちらかり具合から、
今まで使用してきた部屋というより、春休みを利用して、最近引っ越した卒業生の部屋に
居を移す作業中であろうと思われます。貰い物の冷蔵庫などがわざわざ廊下に出ていることから、
「先輩」の部屋ではない模様。さらにおそらく前室の時に作ったであろう母親の合鍵が
新しい部屋でも使えたことを考えると、鍵は全室共通でしょう(個室に鍵の無い寮も
多いですし許容範囲かな)。おそらく犯行は寮内で寮生によって行われ(部外者なら
死体は放っておけばよいし、寮生が寮外で殺したならわざわざ寮内に持ち込まない)、
その処分に困ってはいたものの、寮外に持ち出す危険は冒したくない。
ここで、誰もいない部屋で発見されるのと、
いっそ唯一人残って生活している彼の部屋で発見されることを天秤にかけると、
後者のほうが寮生全体に嫌疑の輪が広がる可能性は少ないのではないか、と考える。
実際、彼に真っ先に重大な嫌疑がかかったではないか。
当日の出来事を想像すると、
犯人は同階の近場の部屋に潜んで彼の動向を監視し(「寮にいるのは僕だけ」という
記述は、文脈からそこで生活するという意味にとれるのであながち間違いではない)、
彼が部屋を出て廊下を進み(他に誰もいないから音で分かりそう)、さらに非常階段を
下りたのを確認後、死体を彼の部屋に遺棄(鍵は共通)、遺棄後、エレベータ音に
気づいた犯人は階段側の廊下へ。母を追った彼も階段を使わずエレベータを使用したので
犯人は会わずに済み、彼がエレベータを降りて廊下を進みはじめると(非常階段は見えない)、
さっさと非常階段をおりて逃げたのである。
彼は嘘は言っていないが、「非常階段を誰かが降りて逃げれば、
エレベーターで四階へ昇る僕に見られたはず」という一文は、階段とエレベータ、部屋の
位置により、必ずしも正しくはない。

お母さんは実はレズビアンで、部屋に横たわる全裸女性に大コーフン
思わず抱きついてしまった。

発見した遺体はそれとは別。部屋の中の全く別の場所にあった。