正しくありません。
「座頭市は日本人である」と「座頭市は日本人ではない」の指す
「日本人」の定義が異なるので、二つを並べてどちらも真実を言うことはできないと思います。
「座頭市は日本人という設定である」と「座頭市は実在した日本人ではない」なら、どちらも真実といえるでしょう。

「戸籍」ができるまで、地球上に日本人は存在しなかった、ということになるんでしょうか。

正しくありません。
なぜなら、映画はフィクションの世界であり、現実とは関係ないからです。よって、「座頭市は日本人ではない」が真実となります。
絶対とはいえませんが・・・・・・・・

座頭市は現実世界には実在しない人物・・・ですかね・・・？
正しくなさそうです。

問題の意味を取り違えた別解として、
「座頭市」という人は日本人だが、「座頭市」という作品は日本人ではない（というより人じゃない）
ってのはどうでしょう？（駄目

つまり「座頭市は日本人であり、日本人でない」となる。
まぁ、人間でもない映画を日本人ではないって普通言いませんがね。

G-SAVIOURはガンダムであってガンダムでない・・・いや、なんでもないです。