とりあえずドクロマークは綺麗に見えていますが、
ゆっくり考える為に方眼罫紙に書き写してみました。
アナログ人間なもので

実は問題文中に書いてあった？

数理学はできないので…

風が見えないな…まったくの無風だ。
ヒント求む。

いもてん，であります．
こうやるんですかねぇ．

はかせ「おほん。それで、どうやって暗号を解読したのかね」
あむ子「まずはこの文章をひらがなにします。暗号解読の基本ですね」
はかせ「ふむ。ひらがなに」
あむ子「はい。句読点は無視します」
はかせ「ふむ。きょぼくをもとめ・・・しんろにはまもりて・・・そのなかに、と」
あむ子「次に」
はかせ「まあ待ちたまえ。後はこの私にまかせなさい」
あむ子「・・・・・・」

あむ子さんは10分ほどで解読しているから
きっとそんなに複雑な解読方法じゃないんでしょうね……

無風どころか逆風だ…ヒントでますますわからない…

お邪魔します♪
で、どこでしょう。。。笑

いもてん，であります．
きっとコレでしょう．

欠航。船さえ出ない。

いもてん，であります．
こうやるんですかねぇ．

こんな感じでどうでしょう♪

こんなんでました♪

いもてん，であります．
まさか…こんな場所で？

ラストヒントです。
その後の二人の会話を一部伏字にしてお送りします。
どうぞ！

はかせ「あむ子くん、ここにおったか！ところで君はどうやって解読方法に気づいたのかね？」
あむ子「今食事中なんですけど」
はかせ「構わん！わしはそんなことは気にせんぞ！」
あむ子「・・・はあ。海賊、ドクロとくれば思いつくのは海賊旗、ジョリー・ロジャーです」
はかせ「うむ。確かに」
あむ子「それには×××××××××××××××××のが普通です」
はかせ「うむ。確かに」
あむ子「それがこの箱には描かれていないことがまず気になりました」
はかせ「ふむふむ」
あむ子「中に入っていた紙の文章は文字が長方形に並んでいました」
はかせ「うむ」
あむ子「字数を数えてみると、横11文字、縦11文字の正方形でした」
はかせ「うむ。確かに」
あむ子「句読点の付け方が不自然ですので、これは偶然ではなく意図的なものだと推察されます」
はかせ「そうかもしれんのお」
あむ子「描かれなかった×××、正方形に並べられた文字・・・」
はかせ「む！もしや××××！」
あむ子「そうです。××××××××を読み取ればいいのではないかと思いました」
はかせ「うむうむうむ。む？意味のある文章にはならんようじゃが」
あむ子「ここで暗号解読の基本です」
はかせ「ひらがなか！」
あむ子「そうです。ひらがなにして××××××××××××のです」
はかせ「えーと、文字数が・・・」
あむ子「読みが3字の漢字が2個、2字の漢字が23個ありますので・・・」
はかせ「2掛ける2足すことの23で27文字増えるわけじゃな！」
あむ子「そうです。121足す27で148文字になります」
はかせ「む？148は××××××ではないぞ」
あむ子「はい。一番近いのは×××です。×××××のは不自然な句読点でしょう」
はかせ「そうか！句読点は無視すると言っておったのはこういうわけか！」
あむ子「そうです。××××××××××並べますと」
はかせ「待て待て！後はわしがやる！」

やっと読めタカラ

ふたごころアリ

このヒントでようやく船が走り出した。

正解者も増えタカラ、正解を発表します。

海賊旗にはドクロの他に骨や剣が交差した×印みたいなものが描かれているのが一般的です。
これの代わりが正方形の対角線です。
ひらがなにして句読点を除くと次のように正方形に並べられます。

きょぼくをもとめやまをこ
えるべしさいだいのせこい
あのさけめにはいるとけわ
しいしんろにはまもりてを
はなつしかけがよういされ
ているからくりのいりぐち
をまもるもののけをたおし
てとびらにあるすうしきを
さっさとときなさいそれに
はすうりがくをすこしまな
んでこないといけませんひ
でんのたからはそのなかに

対角線上を右上から読むと、
ここともよりのにとうでできるさんかくのすいしんに
となります。
ここと最寄の二島でできる三角の垂心に
ということです。
最寄の二島は島2と島4です。
アジトの島とこの二島でできる三角形の垂心は、アジトから南に20km東に10kmのところです。
ここがお宝の場所でした。

いもてんさん劇場も公開しました。

なかなか難しかっタカラ、暗号文が読めた所でチカラ尽き
いもてんさん劇場の海賊達はやたら酒盛りしてて楽しそうですね 私はタカラ焼酎で。

解読できたときは嬉しかったです♪
すいしん→水深で深海に。。。泣