ｸｲｽﾞ大陸

クレーンではないか・・・ （当然ですが）
では、地中を掘って部屋の真ん中に・・・

冗談はさて置き、ayaさんの「入れ違い」説は実現可能ですよね。
犯人が被害者と顔見知りであれば出来ます。
まず、被害者にドアを開けてもらって入る。
被害者から秘書の戻る日を聞く。
殺す。
ドアを施錠しないで帰る。
秘書の戻る前にまた別荘に来て、中からチェーンを掛ける・・・で。