そうですね。

確かあの時は携帯電話が特定され(電源が切られていた)
当時のリアルタイムで追跡がされていたと思います。
ですから電源を入れた(位置確認の通信が出来た)時点のデータもある
はずですし、電源を入れたまま移動した経路の推定もされたと思います。
他には昨年の有名女優の麻薬事件と失踪事件のときにも当時のリアルタイム
で携帯の発信記録を調べているはずです。
あと、関係はあまりないかもしれませんが、たとえば振り込め詐欺などで
使われていると推定された番号等について、警察が許可を取り電話会社に
協力依頼をすればリアルタイムでの位置情報取得ができますね。
警察が私の番号と間違えないことを祈るのみです。(・o・‖)
奈良女児殺害事件の方ですが、通信や通話からだけではなく
「電源OFFの携帯の電源をどこで入れたか?」
ということも、中継基地局の情報から割り出しているようです。
(参考URL)
http://1st.geocities.jp/matome83/nara/koremade.html
恵庭の方は不在通話のときの議論は載っていましたが、電源ON/OFFに関しての議論は見つけられませんでした。